Заглубите на 6 метров, диаметр 1000 и обмерзать не будет

Если серьезно, то летом внутри воздуховодов будет конденсат. Зимой - внутри вытяжного воздуховода. Большой вопрос, как его отводить. Можно сделать расчет на ассимиляцию влаги, как вариант.
Плюс пробивка отверстий в фундаменте, там нужна хорошая гидроизоляция узла прохода.
Сами воздуховоды надо делать неметаллические (если укладка прямо в грунт), гидроизолировать стыки, подготавливать основание. И какая глубина? Если грунт пучинистый и глубина ниже границы промерзания, то поведение воздуховодов под землей вообще станет непредсказуемым.
Обслуживание воздуховодов станет невозможным. Любая протечка, загрязнение, насекомые или черви - все будет на фильтрах. С соответствующими запахами.
В целом нет здесь ничего невозможного. Вопрос в капитальных и эксплуатационных затратах, а также дополнительной оплате проектировщику. Это же касается и рекуперации. Заказчик согласен платить? Если да, дерзайте.
Кстати, при таком варианте можно сами установки вынести на улицу - вентиляторы и фильтры, по крайней мере, а нагреватель оставить внутри помещения.