Был похожий случай. В котельной 2 шт ДКВр-6,5. После летнего простоя (кажется у них даже не было никакого ремонта) начались пульсации давления газа при работе котла № 1 на малых и средних нагрузках (первый по ходу газа от ГРУ). При работе котла № 2 на тех же нагрузках никаких пульсаций не было и при параллельной работе 2х котлов тоже.
Пульсации были настолько частые что звук от регулятора был как от перфоратора. При этом котел № 1 работал нормально, все параметры как по режимной карте.
Мы провели такой опыт: котел № 1 работает, идут пульсации давления газа. Не изменяя нагрузку котла переводим ГРУ на работу через байпас - пульсации прекратились. Отсюда вывод - виноват регулятор ГРУ. Потом наши газовщики с регулятором долго занимались (это был кстати РДБК-100), заменили иглу в пилоте, установили дроссель 3 мм в импульсной колонке, который почему-то отсутствовал. В итоге настроили его работу без пульсаций.
Конечно остаются вопросы: почему при одинаковых расходах газа один котел работает нормально, а второй дает пульсации? Ответ - х.з.

Ревизовали всю арматуру - все с ней нормально было.
В общем копайте в направлении настройки регулятора. От отечественных регуляторов всего можно ожидать, может они на погоду реагируют или на курс доллара. Попробуйте для убедительности работу через байпас - если не будет пульсаций. значит однозначно регулятор ГРУ виноват.