Доброго времени суток. Сразу к проблеме.

Воздуховод сечением 1200х1200 должен пройти между крышей встроенного помещения и нижним поясом фермы. (расстояние большое, предлагать переходы нет смысла, нужно кинуть 500+ квадратов, в проекте именно 1200х1200, прогиб фермы тоже учтен, снеговой нагрузки не будет, у нас нет снега). Так вот, почитал документацию, нигде не указано что монтировать шинорейку во внутрь воздуховода запрещено. Пусконаладку мы делаем сами, и это наша беда, если сечения не хватит.

Вопрос: можно прокинуть воздуховоды, соединяя шиной изнутри??? Нужны ссылки на нормативные документы.

С точки зрения норм монтажа всё прописано в СП 73.13330.2012. раздел 5.3. и раздел 6.5. По поводу шинорейки внутрь обратите внимание на п.6.5.3.
С точки зрения эксплуатации - нужна ли будет чистка воздуховода? Если да, то как это делать? Как вы представляете демонтаж участка такого воздуховода в случае необходимости? Как быть с пожароопасностью (скопления пыли, например)? Сможете ли при монтаже обеспечить требуемую проектом плотность?
И напоследок: подписывая акт о приёмке такого монтажа заказчик и вы точно будете знать, что отвечать санитарному и пожарному надзору в случае чего?

Если проблема именно в размерах шинорейки, возможно ли воздуховоды сделать сварными?

А круглым нельзя пойти?

Т.е. вам мешает 40 мм, для этого вы хотите шину сделать внутрь? А не проще изменить сечение с сохранением площади? Или я что-то не так понял или вы не ищите легкий путей.