Добрый день. Подскажите, пожалуйста, можно ли транзитом поднимать воздуховоды общеобменной вентиляции через помещение ИТП в помещение венткамеры второго этажа?

Прямых запретов нет.
Надо смотреть на категории ИТП и обслуживаемого вентсистемой помещения совместно с прилож. "В" в СП 7

если сдавать итп в моэк, то смотреть требования моэк, эти могут и запретить транзит.

да можно. Просто этот кусок транзита обслуживать не сможете потому что ИТП обслуживает ТСО, а дом управляшка. Соответственно у управляшки ключей от ИТП нет. А так можно.