Здравсвуйте!
Подскажите в чем может быть причина неверных показаний ПРЭМ-2, при опорожненном трубопроводе выдает расход?

Во всех инструкциях по эксплуатации ЭМ расходомеров должна быть запись об отключении при опорожнении трубопровода, включая ПРЭМ.
Установите реле давления отключающее питание ПРЭМ при снижении давления меньше... Физику процесса долго объяснять, да и не к чему. Но то, что ЭМ расходомеры нужно отключать - однозначно.

А сварку не проводили случаем ?