Подскажите как проект CARE залить в контроллер через EBI по C-BUS. Как я понимаю нужно в папку EBI сложить файлы CARE, вопрос в какую именно. В хелпе на EBI что то не нашел данной информации.
И еще вопрос как вообще можно удаленно заливать программы на контроллеры, или такая возможность отсутствует, только локально при подключении к контроллеру ноутбуком с лицензией.

Речь видимо не о заливке проекта, а загрузке откомпилированной программы.
Я бы пошёл от обратного - выкачал бы файлы из контроллера, посмотрел куда их EBI положил, подменил на новые и залил обратно.
Примечание - если в вашем случае используется LON между контроллером и модулями, т.е. необходим commissioning, то идти ножками к контроллеру всё-таки потребуется.