В офисном 5-ти этажном здании (стеклянный фасад, есть общеобменная система вентиляции).
На 2 этаже хотят сделать стоматологию.

По нормам все понятно как должно быть сделано, но...выхода на кровлю и фасад нет.

Вопрос: сталкивался ли кто то с применением каких-нибудь воздушных фильтров для
вытяжки из Стерилизационной, Комнаты отходов, Хирургического кабинета, чтобы
присоединить их к общеобменной системе здания.

Шняга. Не проходимо.
Решение одно в проекте делать как надо - отдельными от здания системами и согласовывать в СЭС в таком виде.
А монтажники по месту сделают как скажет Заказчик - в систему здания.

Посмотрите Аэролайф КФУ. У них для разных целей есть.

К сожалению, есть еще служба Эксплуатации этого здания...по месту - не пропустят.

НЕ решаемо.
Мы так попали как то столовой в здании - турки подключили при строительстве столовую к общеобменке.
Мы реконструировали и подключили также, нам не согласовывали и денег не платили.
Бегите с этого объекта.