Уважаемые коллеги подскажите, можно ли разделить рабочие чертежи марки ВК отдельно на Водоснабжение и Канализацию, и назвать ВК1 и ВК2 соответственно? то есть два отдельных комплекта рабочих чертежей марки ВК.

Да запросто. Не вижу противопоказаний. Если действительно есть причина - почему бы и нет?
А если не секрет - зачем вам это?

Два разных специалиста делают эти разделы.

Тогда с подписями о взаимном согласовании.

Разделы по внутрянке: "В" - водоснабжение, "К"- канализация.
Соответственно, наружный водопровод будет "НВ", наружные сети канализации "НК".

НВ и НК могут быть, а есть такие марки В и К?

бывает нужно альбомы бить. Иначе тупо объем больше чем можно собрать в папку.

Мы бьем по секциям альбомы, но встречал и такое разделение.

В ГОСТе же написано - При необходимости могут быть назначены дополнительные марки основных комплектов рабочих чертежей.
К тому же в Российском ГОСТе 21.1101-2013 марка ВК уже называется "Внутренние системы водоснабжения и канализации". То есть, совершенно не вопрос сделать марки "Внутренние системы водоснабжения" и "Внутренние системы канализации"

Мне кажется все же корректней будет назвать ВК1 и ВК2;

4.2.3 Основной комплект рабочих чертежей любой марки может быть разделен на несколько основных комплектов той же марки (с добавлением к ней порядкового номера) в соответствии с процессом организации строительных и монтажных работ.

Пример - АР1; АР2; КЖ1; КЖ2. (ГОСТ 21.1101-2013)