Сторонняя организация осуществляет шеф- монтаж электроустановки (кстати что это и где про него почитать).
После чего делает пусконаладку оборудования
Должны ли они иметь лицензию.

Да, должны иметь лицензию на проведение ПНР. После ПНР они должны вам предоставить весь комплект пуско-наладочной документации (акты готовности к комплексному опробованию, протоколы проверки блокировок, защит, протоколы измерений и испытаний оборудования и проводок и т.п. и правленную исполнительную проектную документацию). Смотрите ПУЭ (разд, глава 1.8 кажется, ПТЭ ЭП глава 1.3

С ПУЭ и ПТЭЭП всё вроде ясно.
А в каком документе написано о необходимости иметь лицензию.

В Законе о лицензировании. ПНР - часть строительно-монтажных (в общем смысле данного слова) работ. Соответственно - лицензия Росстроя на монтаж и пуско-наладку соответствующего оборудования.

Перечитал закон ст.17 ничего не нашёл

Шеф-монтаж комплекс инженерных услуг оказываемых как правило при сборке поставляемого заводом оборудования или проектным отделом при сложном инженерном сооружение по простому говоря чтоб строители не накосячили и правильно все собрали. обычно оплата труда одного-двух шеф инженеров дешевли чем завод занимался бы монтажом сам оплата шеф-монтажника проживание в гостинеце+командировочные+зарплата+проезд -оплата монтажа это аммортизация строительной техники + (см оплата шеф-монтажника) тем более на месте строителей найти дешевле
А по поводу отдавать им пуско наладку или нет решайте сами если не интересен результат обычно кто делает шеф монтаж тот и налаживает

посмотрите здесь http://www.fgufccs.ru/news/detail.php?ID=14343

Решил написать в этой теме
Какая сейчас рыночная стоимость одного дня работы шеф-инженера иностранца и нашего специалиста?
я понимаю что все зависит от его квалификации и сложности работ.
Моя задача - монтаж кабеля 110-220кВ с концевыми элегазовыми муфтами в европейской части РФ