Возможно, ли используя модули BMX NOE 0100 или BMX NOE 0110 изменить программу удаленно, или только просматривать содержимое регистров?

Можно менять программу.

Через оба модуля?

Через один из них точно. Позвоните на службу тех-поддержки ШЕ в Киеве. Там Вам точно ответят.

Еще вопрос,
Существует ли возможность подключения нескольких панелей оператора, мне нужно три панели Magelis, к одному контроллеру М340? И как это сделать?

По Modbus TCP/IP - без проблем.
По Modbus RTU - надо уточнить о наличии в даной панели драйвера Modbus Slave. Если есть - то тоже можно. Тогда М340 работатет как мастер, и занимается записью/чтением нужных данных с панелей.

в большинстве есть.