Добрый День!
Подскажите пожалуйста, могут ли колодцы на самотечном трубопроводе перед КНС находится в затопленном состоянии? По причине того что максимальный уровень воды в КНС выше уровня лотков в колодцах.

Могут.

Могут по факту.
Но при проектировании закладывать уровень в КНС с учетом подтопления коллектора совсем неправильно.
Вы же заложите их регулярное затопление со всеми вытекающими.

Такая ситуация превратит ваши канализационные колодцы в отстойники. Да и трубы тоже. Нат гут

У меня включается насос когда уровень воды доходит до низа подводящей трубы, а когда вода поднимается выше (т.е. труба подтапливается) включается 2-ой (резервный насос), т.е. либо 2 насоса работают одновременно при притоке больше расчетного (одна причина поднятия уровня) или второй насос включается по причине неисправности 1-го (другая причина поднятия уровня).
При любом раскладе поднятие уровня воды в приемной камере выше лотка - аварийный случай и подается сигнал диспетчеру.