Здравствуйте.

Нашел на https://github.com/braileee/PipeVertOffset приложение под Civil 3d с помощью которого можно задавать определенный отступ проектируемой трубы от пересекающей в профиле (вот пример работы https://youtu.be/X3y1skezrAc , https://youtu.be/uhJIkKyK2ww).

Расскажите пожалуйста простым языком, как данную программу внедрить в Civil 3d?

Это архив с исходниками на Си-шарп. Чтобы этот "самолет взлетел" надо ставить Visual Studio и врубаться в компиляцию. Лучше напишите автору, чтобы скомпилированный файл выложил.