На основание какого СБЦ или другого норматива можно посчитать стоимость проектных работ и СМР на производственное здание с учетом внутренних инженерных систем?

Это зависит от назначения здания и отрасли. Конкретизируйте пожалуйста

Здание для укрытия блока емкостей очистных сооружений

СПРАВОЧНИК БАЗОВЫХ ЦЕН НА ПРОЕКТНЫЕ РАБОТЫ ДЛЯ СТРОИТЕЛЬСТВА
ОБЪЕКТЫ ВОДОСНАБЖЕНИЯ И КАНАЛИЗАЦИИ - 2008

Спасибо за ответ.
А можно ли сделать смету без привязки здания к комплексу очистных сооружений и на основании чего?

Можно. Прикидываете листаж, сложность чертежей, необходимость выездов на место строительства... получаете трудозатраты. Потом эти трудозатраты раскидываете по сотрудникам, умножаете на их зарплату, добавляете накладные расходы и получите примерно такого же порядка циферки.