Предположим, у меня есть Lon-модуль ввода-вывода, у которого 2 цифровых входа и два цифровых выхода. Состояние входов передаётся по nvoSwitch01 и nvoSwitch02 соответственно, а управление выходами осуществляется через nviSwitch01 и nnviSwitch02.

Предположим, в проекте сети Lon будет всего один модуль и две связи: nvoSwitch01 -> nviSwitch01 и nvoSwitch02 -> nviSwitch02.

И тут у меня возникают вопросы:
1. Будут ли работать связи выходных переменных с входными одного и того же устройства?
2. Если на первой вопрос ответ ”Да”, то будут ли работать связи, если устройство будет работать автономно (т.е. к модулю не подключены провода сети Lon)?

То, о чем Вы говорите, называется Turnaround binding.
Если конкретное устройство поддерживает эту опцию, то на второй вопрос ответ "да" (если, конечно, устройство имеет собственный блок питания, а не запитывается с шины, т.е. имеет LPT-трансивер). Практически все известные мне устройства имеют возможность turnaround binding, проблемы были в свое время только у Johnson controls серии FX.