Имеются 2 скважины с одинаковыми геологическим разрезом, интервалом горизонтов. Их нужно ликвидировать. Проект ликвидации нужно составлять на каждую скважину или можно составить единый проект?
Если Заказчик имеет лицензии на каждую из этих скважин, то проектов ликвидации тоже должно быть два?

есть несколько факторов, основной - может ли эта работа быть выполнена одной структурой на общей стройплощадке.

По решению.
Тот факт, что скважину бурили в дентичных условиях совершенно не означает, что сами скважины идентичны. За время нахождения в эксплуатации на каждой скважине могли быть применены индивидуальные решения, которые не нашли своего отражения в документации или были приложены к этой документации в форме отдельного проекта. Поэтому проектов должно быть два: основной и повторный. При разработке повторного проектного решения в основную документацию должны быть внесены изменения, которые учитывают отличительные особенности второй скважины от первой. Отличия обычно связаны с разными условиями эксплуатации: подключение с другой стороны, расстояние до точки подключения другое, подъезд лучше/хуже и т.п. важные мелочи. Логично, что повторный проект многие решения возьмёт из исходника, но там всё равно придётся кое-что переделать. Попроавку на разработку повторных проектов я не помню, уточняйте у сметчиков.