Необходимо рассчитать наружные водопроводные сети, и подобрать скважинный насос.

Для начала вопрос, насколько правильно пользоваться этой методикой для определения расходов, и напоров, и подбора скважинных насосов
http://www.teplograd.ru/articles.htm?id=33

Есть объект, на котором есть 7 потребителей холодной воды. Они запитываются от коллектора, который находится возле скважины. И если рассчитывать по этой методике получается
-главный дом, 25человек, 106 сан тех приборов, максимальный расход 16.3л/с 61.7м3/час
-дом охраны 1,6л/с 5,9м3/час
-гостевой дом 2,1л/с 7,8м3/час
-два фонтана 1л/с 3,6м3/час
-главный фонтан 1 л/с 3,6м3/час
-купальни, сауна 1,5л/с 5,4м3/час
-бассейн 1,5л/с 5,4м3/час

Общий расход воды при этом 93,4 м3/час
А дебит скважины, которая есть на участке 45м3/час. Она будет единственная.
Вообщем, правильно ли рассчитывать расход суммируя расходы сантех приборов. Или нужно рассчитать на 25чел, и вероятность использования приборов. И как решается вопрос, если расхода скважины не хватает.

берите схему водоснабжения с накопительным баком, РЧВ, емкостью, как угодно назовите. Вам по-любому нужна будет водоочистка, ставите ее до бака. после бака - насосная станция для обеспечения пиковых расходов, всех этих литров в секунду.
для фонтанов, бассейна расход не нужен. у них свои накопительные баки, т.е. чаши с водой.
их нужно один раз заполнить, потом идет подпитка, в гораздо меньших объемах.

а подскажите по какой методике лучше рассчитать главный дом, на 25 человек

Методика на которую Вы ссылаетесь имеет отношение к ИНДИВИДУАЛЬНОМУ водоснабжению. Вам для расчета нужно пользоваться СНиП.
И фонтаны нужно учитывать не по производительности, а по величине подпитки.