Контроллеры рСО1 и рСО3 имеют различия, которые в некоторых ситуациях могут иметь решающее значение. Например, аналоговые выходы Y3 и Y4 в контроллере рСО1 с ШИМ, а в контроллере рСО3 - 0-10в. Аналоговые входы контроллеров тоже имеют некоторые различия. Более подробно о возможностях контроллеров Вы можете прочитать, например, в этом документе:
http://www.carelrussia.com/downloads/pCO_system_manual.pdf. Также следует учитывать, что скопировать программу из рСО1 в рСО3 с помощью ключа SmartKey невозможно. Поэтому возможность замены зависит от конкретной ситуации.