Можно ли в водогрейной котельной выполнить воздуховоды (вытяжку) из полиэтиленовых труб?

Если не сдаете объект никому, кроме заказчика, то, на основании той информации, какую вы дали для размышления - можно.
Почему именно полиэтиленовые трубы?

Предполагаю из-за коррозионной стойкости. Не ржавеют.... Легче.

Тогда уж лучше возьмите ПВХ воздуховоды.

Следует также обратить внимание, что в отличие от гибких воздуховодов шланги ПВХ, армированные спиралью ПВХ (если Alex их имел ввиду) имеют меньшее аэродинамическое сопротивление, т.к. внутреняя поверхность их гладкая и одного диаметра, без волн. Стенка у них более толстая, а потому меньше повреждается. Недостаток - высокая цена.