Согласно п.21.16 сп. 30.13330.2020 отвод поверхностного стока в подземную часть здания запрещен, т.е теперь если над паркингом есть площадки, дорожки, детские площадки отвести через гараж поверхностные стоки нельзя? Раньше так делали. Если проект прошел экспертизу в 2022 году, сейчас рабочка изменения нужно делать согласно последним изменениям?

Воронки в крыше паркинга являются его конструктивным элементом, поэтому так можно.
Рабочка должна соответствовать стадии П. За любые изменения и несоответствия отвечает заказчик. Он решает, надо проходить повторную экспертизу или нет.

21.16 Запрещается прием поверхностного стока в подземную часть здания с поверхности дворовой части.
Поверхностный сток с покрытия стилобатной части здания может быть отведен в систему внутренних водостоков. При этом данная система должна иметь самостоятельный выпуск.

Если двор - не над подземной частью, то нельзя, то есть, имхо, запрещен транзит.