Автономная газовая котельная - это в первую очередь здание. Так что пользуйтесь перечнем документов, которые нужно подготовить, для обычных зданий. 
Вот здесь посмотрите.
Далее нужно получить технические условия на газоснабжение, электроснабжение, водоснабжение и водоотведение. Получить разрешение от СЭС и пожарников. 
Еще вот 
этот сайт почитайте. В общем то дело это довольно хлопотное в нашей стране.