1.
При автоматическом размещении и обозначении соединений с свойством "Сигналов на потенциал", соединения подходящие к одному выводу (т.е. подключение шлейфом) получают один номер, но также соединения подходящие к разным выводам клемм получают один номер (т.е. проходя через клемму номер провода не меняется). Возможно ли сделать так чтобы при переходе через клемму менялся номер соединения, но при подключении шлейфом соединения имели один номер?
2.
В схеме выводы устройств соединены шлейфом и имеют один номер соединения. При генерации "Списка соединений", соединения распологаются произвольным образом. Таким образом при подключении шлейфом большого количества устройств сложно отследить последовательность соединений. (где начинается шлейф, куда идет дальше, где заканчивается). Как сделать так чтобы в списке соединений соединения распологались в нужном порядке, т.е. выбрать последовательность подключения выводов не зависимо от их расположения на принципиальной схеме?

Чтобы при проходе через клемму менялся потенциал необходимо поменять логику клеммы (в свойствах клеммы). там где передать потенциал из 1 в 2 сделать пустые поля
По поводу шлейфов.Я с ними мало работал. Но можно попробовать задать ориентацию клемм перед отчётом

Не зависипо от принципиалки не получится. Потому что это принципиальная схема СОЕДИНЕНИЙ, то есть как вы соединения нарисуете так они в перечне и будут. Это не достаток, потому как на принципиалке рисуеш шлейф так, а в действительноти при размещении оборудования в шкафу необходимо чтоб он был по другому. Вы ход рисовать принципиалку так как должно быть после размещения оборудования.