Столкнулся с такой проблемой прочитав на упаковке силикона что,не рекомендуется его использовать для уплотнения оцинкованных изделий!Почему?

Потому, что кислотная основа этого герметика разрушит цинковое покрытие.
Для оцинкованных деталей применяется специальный силикон на нейтральной основе.

Подскажите, следующая проблема - для герметизации фланцевых соединений воздуховодов использовался силиконовый герметик, представитель заказчика (тех.надзор) просит дать ссылку на номотивный документ где это регламентируется. Ничего подобного не могу найти, может кто знает?

Пособие к СНиП 3.05.01-85. Возможно там есть.