Подскажите, пожалуйста, в нашей организации есть прибор для анализа качества электроэнергии, какие необходимы документы, лицензии и сертификаты для работы с ним, предоставления отчетов и т.д.?

Предоставления куда? Если для мониторинга себя родимых, то вообщем то ничего не надо. Но для проверки Росстандарта ваши отчеты не пройдут. Нарветесь на штраф - если вы конечно попадаете под их проверки в части передачи потребителям электрической энергии в сетях общего назначения
Для "аккредитации" необходимо обучить специалистов (как минимум 2 ) и аккредитовать испытательную лабораторию по качеству эл.энергии. Вот здесь почитайте www.linvit.ru

К передачи эл.энергии мы не имеем отношения. В связи с участившимися обращениями юр. и физ. лиц по вопросу плохого качества ЭЭ, есть необходимость предоставлять отчеты для исков в суд, для выявления причин порчи оборудования на производстве и т.д.

я не пойму, эта процедура обязательна и где это прописано?