С наступившим Новым годом, господа.
Имеется котельная для отопления больницы.
Проект и сама котельная выполнены 20 лет назад.
Многое устарело.
Но финансирование медицины сами знаете...
Поэтому по необходимому минимуму хотелось бы:

1.Внести изменения в гидравлическую схему (сейчас еще одноконтурная, хотелось бы двухконтурную)
2.Заменить древнюю дымовую трубу (почти сгнила, есть наклон) на современную теплоизолированную.
3.Внедрить автоматизацию и диспетчиризацию, убрать персонал из котельной.
4.В 3 имеющихся корпусах установить ИТП.

Вопрос: Можно ли внести изменения только в эти разделы или надо начинать все сначала, по полному проекту? И как быть с экспертизами?

Вы скромно перечислили почти все, кроме котлов, а учитывая желание автоматизации и диспетчеризации, то и туда влезать придется.
Так что дешево не будет точно.

Делайте проект технического перевооружения котельной и проходите ЭПБ. Если финансирование бюджетное, то также делаете сметную документацию и ее отдаете на экспертизу сметных расчетов (в РЦЦС).