Как лучше подключить . По 2-х или 3-х проводной схеме к контроллеру насосной станции Megacontrol (входы -24 Vdc, 4-20 mA и GND)

Неуш-то никто не знает . Ачем отличается 2 и 3-х проводная схема? принципиально.

При трехпроводной вы по отдельному проводу подаете питание, второй вых датчика, третий - общий. При двухпроводной На плюс датчика вы подаете плюс внутреннего БП 24В, второй провод это выход датчика на вход контроллера. Общий контроллера на минус БП.

А как правильнее подключить в моем случае? Я так понял общий = GND

Правильно по схеме, приведенной в описании датчика.