По пунктам:
1) Смысл стольких Ethernet ? Свитч не подойдёт? Или сервер ещё и роутером будет? В любом случае почти любая материнка не MicroATX имеет нужное количество PCI слотов для сетевух.
2) 3 винта - опять же, не проблема (почти на всех 2 или более SATA), насчёт RAID - только программный, ибо аппаратный RAID влетит в копеечку. Программный RAID - ненадёжная вещь, которая не особо подлежит восстановлению. Да и работает через дрова - дополнительная нагрузка на проц, дополнительная ненадёжность. Оно вам надо?
3) В PCI можно вставить платку.
4) это есть везде, обычно
5) Видео - тоже. Поставьте лучше BSD/Linux - там можно и по RS232 системой рулить. Сам так делаю.
6) USB есть сейчас везде. (не встречал матерей без USB, если только на Socket 5 или старше

)
Насчёт пассивного охлаждения - не думаю, что что-либо найдётся под такие нагрузки. ИМХО, пассивное охлаждение и сервер не совместимы. Или же совместимы, но не при таких нагрузках.
По поводу софта:
1) Windows на сервер? Чем *nix не устроили? *nix один раз поставил и забыл. Да и с лицензией никаких вопросов.
2) PF в OpenBSD опять же вещь хорошая, если смотреть в сторону *nix
3) SAV = Symantec Antivirus ? Если *nix ставить - вам антивирус не потребуется вообще. Для почты - ClamAV. Не топ, но бесплатно и настраивается нормально. (сам не пробовал дружить его с Postfix, но статьи видел).
4) Postfix для почты - штука хорошая. Можно с MySQL подружить.
5) Если ставить *nix - там есть ssh.
6) использовал PureFTPd - опять же, доволен
7) Nginx + PHP в виде FastCGI. Потоковое аудио лучше вынести на отдельный сервер
8) IceCast - я им радио в локалку ретранслирую. Доволен. Проц грузит слабо.
9) Samba, справляется нормально
10) Если поднимать WiFi, то поднимите и OpenVPN - пусть траффик шифрует. Защита в WiFi достаточно слабая (WEP/WPA), я делаю просто - поднимаю WiFi без шифрования, и подключаюсь по OpenVPN. Просто и надёжно.
В целом для *nix это не фантастика. Для венды - с учётом антивирусов - сказать не могу ("сервера" под ОС Windows за сервера я не считаю).
Насчёт PHP - опять же - это обязательное требование? Сайты неплохо пишутся и на Си в виде FastCGI. И работают намного быстрее (сам писал на Си, сильно выигрывал у PHP на Celeron 1300MHz). Опять же вопрос - смотря какая посещаемость у сайтов (статистика вызовов скриптов PHP) - если уж делать на PHP - проц-то по-мощнее желательно.
Единственное только, с чем в *nix проблемматично - не каждый WiFi будет работать.
Всё зависит от нагрузки: проц могут загрузить антивирь (а нужен ли он вообще?), радио-ретранслятор (я не знаю, что за трансляция у вас - трансляция готовых файлов или ретрансляция, например, звука с аудио-входа?) и PHP. Если посещаемость планируется очень большая - лучше напишите движки на Си. FTP/Web/расшары загрузят винт и сеть. Опять же всё зависит от посещаемости и от активности работы с FTP/расшарами - опять же, смотря на что вы рассчитываете сервер, на какую активность/нагрузку (тысяча хостов в сутки? 10? 100?).
В целом - могу лишь сказать, что это реально при нормальной настройке (насчёт Windows не знаю, не пробовал, *nix потянет) и нормальной нагрузке (вы не указали предполагаемую нагрузку/посещаемость, оценить полностью не могу, если там посещаемость с 4мя нулями). Т.е. собрать физически можно всё это в одном сервере, но мильён хостов в сутки не потянет

Сам использую комп на OpenBSD 4 (целерон 1300МГц + 512 метров ОЗУ), работает на 2х Sata винтах, управляется по RS232 (если сеть всё-таки упадёт по какой-либо причине или же сменить ядро надо). Фаер - PF, Web-server: Nginx + PHP в FastCGI + Си-шные движки в FastCGI, ретрансляция проводного радио в сеть - IceCast, поднят OpenVPN-сервер (с помощью него я управляю роутерами, которые находятся за NAT), раньше стоял Postfix, но недонастроил я его (копался просто ради интереса), FTP был PureFTPd, опять же летал, сейчас отключен за ненадобностью (использую SFTP), висит так же Jabber-сервер, MySQL, PostgreSQL, игровой сервер Wolfenstein, несколько ssh-серверов (если потребуется кому-нибудь доступ к *nix машине - даю урезанную учётку), сервер DNS: MaraDNS, торрент/ed2k клиент: MLDonkey, прокси - 3proxy и Privoxy, так же висит демон Tor. Почти все сервера (ssh в том числе) находятся в собственном chroot, под отдельными пользователями с файловыми квотами и с квотами на оперативку и приоритет процессов. Нагрузка на всё это не особо большая. Антивируса нет. Доволен работой.