Подскажите, пожалуйста, как можно сделать наполнение и расход из башни Рожновского по одному трубопроводу?

По одному трубопроводу? Но ведь все равно тройник где-то будет - одна труба идет к потребителю, другаю к скважине.
А сделать очень просто , проще некуда. Тупо тройник и все. Для предотвращения стекания воды в скважину - обраный клапан на напорной линии перед тройником. Но если трубопровод прокладывается снаружи, зимой возможно замерзание отдельных участков, учтите это.

Получается так, что вода наполняет башню снизу и забор тоже происходит снизу. При этом летом при отсутствии перемешивания вода может застоятся, а зимой верхний слой может замерзнуть.

Может в самой башне поставить тройник на одном "конце" обратный клапан на наполнение и трубу до верха, на другом конце обратный клапан на всасывание снизу.

Можно и так.

В башню "Рожновского" и идёт одна труба, так и должно быть...Посмотрите типовой проект, там всё описано, он в свободной скачке.

Зимой она не замерзает за счёт турбулентности потоков внутри при заполнении от скважинного насоса. В типовом есть таблица расчета теплоизоляции для регионов с учётом температуры скважинной воды.

Ничего лишнего там городить не нужно. Она создавалась специально для автономной работы, без долгого обслуживания, для сельских местностей...
Все датчики располагаются не в самой башне, а в колодце рядом...