Если устанавливать автоматический выключатель в РУНН, то он защищает только кабельные линии; надо ли для защиты кабельных линий применять дорогие автоматические выключатели? Видится, что рубильник с предохранителем дешевле и проще.

Немцы до последнего времени так и делали.
Но рубильник и предохранители занимают больше места, нежели автомат.
Где-то так...

Вопрос намного глубже, чем вы думаете. Все зависит от схемы электроснабжения и что за аппараты защиты у вас находятся ниже РУНН. Ноги у данного вопроса растут от проблемы селективности аппаратуры, от кретичности отключения автоматата защиты в РУНН при КЗ на потребителе и т.д. и т.п. Почему-то пошла мода не заморачиваться с расчетом максимальных и минимальных токов КЗ, составление карт селективности. В итоге при КЗ, а порой и просто больших стартовых токах выбивает не автомат, который непосредственно защищает потребителя, а защиту в РУНН.
Ну и габариты аппаратуры играют не последнюю роль. Сейчас квадратный метр недвижимости стоит очень приличных денег и порой очень сложно выбелить просторное помещение под РУНН.